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Binding靶点蛋白

Binding靶点蛋白

www.bindingdb.org

更新: 2025-05-20
访问: 499,015次
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基本信息

  • 收录时间 2025-05-20
  • 所属国家 中国
  • 全球排名 #-
  • 语言支持 中文
  • 费用类型 免费 + 高级订阅

功能评分

易用性 9.0/10
功能丰富度 8.8/10
内容质量 9.2/10
性价比 8.5/10

标签分类

AIGC工具导航 Binding靶点蛋白 机器学习训练数据 药物研发 生物信息学分析 靶点蛋白数据库 小分子结合数据 高亲和力化合物 临床前研究 靶点验证 结合亲和力 跨物种数据整合

详情介绍

  • 站点名称：Binding 靶点蛋白数据库
  • 站点 URL：https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
  • Title：BindingDB：全球权威靶点蛋白与小分子结合数据平台
  • Keywords：靶点蛋白数据库，小分子结合数据，药物研发，高亲和力化合物，临床前研究，靶点验证，结合亲和力，生物信息学分析，机器学习训练数据，跨物种数据整合
  • Description：BindingDB 是全球领先的靶点蛋白与小分子相互作用数据库，收录超 150 万条结合数据，覆盖人类、小鼠、大鼠等多物种，支持药物研发全流程。提供高亲和力化合物筛选、靶点验证、生物信息学分析等核心功能，助力研究人员快速定位潜在药物靶点。访问官网获取免费数据下载与 API 接口，加速您的药物发现进程。

站点简介


BindingDB 是专注于靶点蛋白与小分子结合数据的权威平台，为药物研发提供一站式解决方案。平台整合了来自全球科研机构的实验数据，涵盖 150 万条化合物 - 蛋白相互作用记录，覆盖人类、小鼠、大鼠等多物种靶点。核心功能包括高亲和力化合物筛选、靶点验证、生物信息学分析等，适用于临床前研究、候选药物优化等场景。研究人员可通过平台快速检索特定靶点的结合数据，或利用机器学习模型（如 GraphBAN）进行未知相互作用预测。

核心功能


  1. 数据检索与筛选

    • 支持按靶点名称、化合物结构、结合亲和力等多维度检索，精准定位目标数据。
    • 提供高亲和力化合物筛选工具，帮助研究人员从海量数据中快速识别潜在药物分子。
    • 支持跨物种数据对比，例如比较人类与小鼠靶点的结合特性，辅助药物安全性评估。

  2. 生物信息学分析

    • 结合基因表达数据库（如 GEO）和通路分析工具（如 KEGG），解析靶点在疾病中的作用机制。
    • 提供分子对接模拟功能，预测化合物与靶点的结合模式及亲和力，减少实验成本。

  3. 机器学习训练支持

    • 开放 API 接口，允许研究人员直接调用数据训练 AI 模型（如 GraphBAN），用于预测未知化合物 - 蛋白相互作用。
    • 提供标准化数据集，支持跨域药物发现研究，例如从已知靶点扩展至 “不可成药” 靶点（如 PRL3、KRASG12D）。


特点优势


  1. 数据全面性

    • 收录数据涵盖 150 万条化合物 - 蛋白相互作用记录，覆盖 HER2、EGFR、TROP2 等热门靶点，以及 LIV-1 等新兴靶点。
    • 整合多源数据，包括文献、高通量筛选结果和临床试验数据，确保信息的准确性和时效性。

  2. 技术创新性

    • 采用分布式数据库架构，支持高效数据检索和多模态数据融合（如结构数据、序列数据）。
    • 提供可视化工具，直观展示靶点 - 化合物相互作用网络，辅助研究人员理解分子机制。

  3. 用户友好性

    • 界面简洁易用，支持 SMILES、FASTA 等多种格式输入，降低技术门槛。
    • 提供免费数据下载和 API 访问，满足学术研究与工业界需求。


适用人群


  1. 药物研发人员

    • 用于靶点筛选、化合物优化、临床前研究等阶段，加速候选药物发现进程。
    • 例如，在 ADC 药物开发中，可通过 BindingDB 筛选与 TROP2、Claudin18.2 等高表达靶点结合的高亲和力抗体。

  2. 生物信息学研究者

    • 利用平台数据进行靶点预测、通路分析和机器学习模型训练。
    • 例如，通过整合 BindingDB 与 TCMSP 数据库，解析中药活性成分的作用靶点。

  3. 临床医生与转化医学团队

    • 辅助靶点验证和个性化治疗方案设计，例如通过分析肿瘤患者靶点表达数据，匹配最佳治疗药物。


使用指南


  1. 数据检索

    • 访问官网后，在搜索栏输入靶点名称（如 “HER2”）或化合物结构（SMILES 格式），点击 “搜索”。
    • 使用筛选器（如结合亲和力范围、物种、实验类型）缩小结果范围。

  2. 生物信息学分析

    • 点击目标靶点进入详情页，查看相关基因表达数据、通路富集结果及分子对接模型。
    • 下载数据后，可使用 R 语言或 Python 进行进一步分析（如 GO 功能富集、PPI 网络构建）。

  3. API 调用

    • 注册账号后，在 “开发者工具” 页面获取 API 密钥。
    • 使用 curl 或 Python 请求示例代码，调用数据接口（如GET /api/bindings?target=EGFR）。


常见问题及解决方案


  1. 数据格式不兼容

    • 问题：下载的 CSV 文件无法在本地分析工具中打开。
    • 解决：使用 Excel 或 Python 的 pandas 库转换为所需格式，或联系客服获取定制化数据。

  2. 搜索结果为空

    • 问题：输入靶点名称后未返回任何结果。
    • 解决：检查拼写是否正确，尝试使用同义词（如 “ERBB2” 代替 “HER2”），或扩大筛选范围（如取消亲和力限制）。

  3. API 访问权限不足

    • 问题：调用 API 时返回 “403 Forbidden” 错误。
    • 解决：确认 API 密钥正确，并在开发者控制台申请更高权限（如学术研究或商业用途）。


相关产品推荐


  1. ChEMBL

    • 特点：聚焦药物化学数据，提供化合物活性、毒性及药代动力学信息。
    • 适用场景：药物化学结构优化、ADMET 性质预测。

  2. DrugBank

    • 特点：整合药物与靶点信息，提供详细的药物说明书和临床试验数据。
    • 适用场景：药物机制研究、临床用药参考。

  3. STRING

    • 特点：专注蛋白质 - 蛋白质相互作用网络分析，支持功能富集和通路解析。
    • 适用场景：靶点作用机制研究、多靶点药物开发。


以上产品可与 BindingDB 互补使用，例如结合 ChEMBL 的药物化学数据和 BindingDB 的靶点结合信息，加速候选药物筛选。

特色功能

AI图片生成

支持自由姿势的商品种草图生成，批量产出差异化、氛围感的商拍图

AI文案优化

基于商品信息自动生成高转化率的种草文案，适配不同平台风格

虚拟模特训练

提供丰富的商用AI模特库，支持用户训练专属虚拟模特形象

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用户评论 (2,348)

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张伟

2023-10-10 •

这是我用过最好的AI对话工具！写作助手功能太强大了，帮我节省了大量时间。特别是写报告和邮件时，它能快速生成高质量内容。

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李婷

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王教授

2023-10-05 •

我在教学中使用ChatGPT作为辅助工具，它能快速生成测验问题和解释复杂概念。但学生需要学会批判性思考，不能完全依赖AI的答案。

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